罪与非罪
区分罪与非罪的界限，要注意：本罪系行为犯，行为人实施完毕包庇、纵容黑社会性质组织行为的，原则上构成本罪且为既遂。但是，根据案件具体情况，如果包庇、纵容行为情节显著轻微、危害不大的，如行为人指使他人作伪证，他人未作伪证而未遂，且能自首或立功的;帮助黑社会性质组织一般成员逃匿后即行帮助抓获归案，认真悔改的，等等，可不以犯罪论处。
此罪与彼罪
一、纵容黑社会性质组织罪与玩忽职守罪的区别。主要是：(1)主观方面不同。本罪在主观方面必须出于故意;后罪则出于过失。(2)行为方式不同，本罪的行为方式表现为不依法履行或不正确履行职责，放纵黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为;后罪则表现为一切严重不负责任，不履行或不正确履行职务的所有玩忽职守的行为。(3)定罪情节有不同。本罪系行为犯，一实施纵容黑社会性质组织进行的违法犯罪活动的行为，除非情节显著轻微危害不大，都构成本罪;后罪为结果犯，玩忽职守的行为必须造成公共财产、国家和人民利益重大损失的危害结果方能构成其罪。(4)侵犯的客体不同。本罪为复杂客体，既侵犯国家机关的正常管理活动，又侵犯社会正常的治安秩序，且以后者为主;后罪侵犯的客体是国家机关正常的管理活动。
二、本罪与滥用职权罪的界限。国家机关工作人员利用职务之便采用各种方法包庇黑社会性质组织的，无疑是滥用职权，如果因此造成国家和人民利益遭受损失的，又触犯滥用职权罪，属想象竞合，应当择一重罪定罪处罚。
三、本罪与窝藏、包庇罪的界限。二者的区别主要是：(1)犯罪主体不同。本罪的主体为特殊主体，只有国家机关工作人员才能构成本罪;后罪的主体则侧为一般主体，年满16周岁具有刑事责任能力的人，不论是否为国家机关工作人员，都可构成其罪。(2)客观行为方式不同。本罪包庇行为极为广泛，既包括作假证明包庇黑社会性质组织及其成员，以及为黑社会性质组织成员提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿的包庇、窝藏行为，又包括其他诸如通风报信，隐匿、毁灭、伪造证据，阻止他人作证、检举、揭发，指使他人作伪证，阻挠国家机关工作人员查禁等其他包庇行为;后者则只包括为犯罪分子作假证明包庇及提供处所、财物，帮助其逃匿的行为，比本罪行为狭窄得多。(3)犯罪对象不同。本罪行为包庇的对象为黑社会性质组织包括其成员;后罪行为的对象则是一切犯罪的人包括黑社会性质组织的成员。(4)犯罪客体不同。本罪所侵犯的主要是国家机关查禁黑社会性质组织的正常秩序;后者所侵犯的则是国家司法机关查禁犯罪分子的正常秩序。国家机工作人员如果为黑社会性质组织成员提供处所、财物，帮助其逃匿或者作假证明包庇的，既触犯本罪，又触犯窝藏、包庇罪，属想象竞合，应择一重罪论处。比较两者，刑罚基本相当，但本罪性质严重，因此，应以本罪依法追究行为人的刑事责任。
四、罪与伪证罪的界限。国家机关工作人员在刑事诉讼中，如果担任证人、鉴定人、记录人、翻译人而对黑社会性质组织的违法犯罪案件有重要关系的情节，故意作虚假证明、鉴定、记录、翻译，或者隐匿罪证的，既触犯包庇黑社会性质组织罪，又触犯伪证罪，为想象竞合，应择一重罪定罪处罚。